Naftoport położony jest w bezpośrednim sąsiedztwie obszarów chronionych w ramach programu Natura 2000.
W pobliżu znajdują się najczęściej odwiedzane i najładniejsze plaże Zatoki Gdańskiej, ujęcia wody oraz rezerwat przyrody „Ptasi Raj”. Akweny portowe okalające tereny Terminalu Naftoport są siedliskiem łabędzi, dzikich kaczek i kormoranów, a w okolicy falochronów pływają ławice śledzi, fląder i innych gatunków ryb. Gdańscy wędkarze wiedzą, że tutaj najłatwiej złapać sandacza, czy węgorza.
Świadomość turystycznych, przyrodniczych i krajobrazowych walorów wybrzeża Zatoki Gdańskiej nakłada na Naftoport obowiązek szczególnej dbałości o te unikalne tereny.
W roku 1998 zbudowaliśmy kompletną stację systemu monitoringu powietrza miasta Gdańska oraz wyposażyliśmy w przyrządy drugą. Zbudowaliśmy też nowoczesną instalację odbioru oparów węglowodorowych i ich utylizacji. Bezpieczeństwu środowiska służą systemy wspomagania manewrowania tankowcami po akwenach portowych. Pełnej separacji i oczyszczaniu podlegają wszystkie wody opadowe. Urządzenia przeładunkowe zainstalowane są na szczelnych tacach i wyposażone w automatyczne systemy zapobiegające rozlewom.
Baseny portowe Naftoportu są zabezpieczone przed rozprzestrzenianiem się rozlewów ładunku na obszar Zatoki Gdańskiej.
Na bieżąco monitorowana jest czystość wody na obszarze Portu. Wszelkie powstałe odpady są zbierane i utylizowane.
Na bieżąco monitorowana jest czystość wody na obszarze Portu. Wszelkie powstałe odpady są zbierane i utylizowane.
Wprowadzane są techniczne środki sprawnego zbierania ewentualnych, najmniejszych nawet rozlewów.
Ochrona przeciwrozlewowa, eliminowanie wszelkich szkodliwych emisji do atmosfery i wód przybrzeżnych zaowocowało powstaniem warunków dla
